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又稱「麻章上人」，閩南一帶多稱為「烏面祖師」，臺灣則稱為「祖師公」、「祖師爺」。全省近百座的清水祖師廟中，祖師爺的分身，別稱「三代祖師」、「蓬萊祖師」、「顯應祖師」、「照應祖師」、「輝應祖師」、「普庵祖師」。
相傳清水祖師俗姓陳，名應（一說為陳昭或陳昭應），法名「普足」，宋仁宗慶曆四年正月初六誕生於福建省永春縣小姑鄉。陳應自幼在大雲院出家，因不堪寺院的虐待，於是到高太山結茅築庵，閉關靜坐，後經大靜山明松禪師指點，參讀佛典三年，終於悟道。明松禪師授他衣缽，並告誡他：「我佛最大功德，就是行仁，是故要捨棄萬緣，以利物濟世為職責」，陳應便在麻章施醫濟藥，普救貧病，麻章人士尊他為「麻章上人」。
宋神宗元豐六年，清溪（福建安溪）永春一帶大旱，鄉人請他去祈雨，立刻甘霖普降，因此被尊稱為「清水祖師」。清溪人士便在蓬萊山上築一精舍，延請麻章上人居住，並稱此為「清水嚴」。麻章上人在此修行十九年，獨力募化，修橋鋪路，人人稱便，漳州、汀州一帶的人都十分崇信他。宋徽宗靖國九年，五月十三日在說教中端坐而逝，享年六十五歲。地方人士感念其德澤，奉報朝廷，敕賜「昭應大師」封號。
另根據台灣三峽祖師廟說明，清水祖師是北宋京都開封府祥符縣人(今河南開封)，曾追隨宋丞相文天祥義舉勤王，英勇抵抗元兵，轉戰大江南北，是抗元扶宋的民族英雄。清水祖師生前隱居於福建清水巖，死後明太祖追念他功在國家，敕封為「護國公」昭命於福建省安溪縣清水巖建立祠堂崇祀，因此福建安溪人稱他為「祖師公」，其廟宇稱為「祖師廟」。

一說，清水祖師原為屠夫。有一夜，媽祖化身為老婦人，在溪邊洗衣，因為年老力衰，洗得異常辛苦，祖師憐憫她的老邁，替她洗衣。說也奇怪，越洗越黑，祖師問她為什么這樣，媽祖告訴他為屠者太臟，不能成道，祖師聽了此話，深深自愧，回到家里，拿起屠刀，剖開自己的肚子，洗淨腑臟，再納入肚子里，以示清白。媽祖看到他能夠痛悔前非，就度他去做神，所以民間尊為清白公正無私的神。
黑面祖師
一說 ，清水祖師自少沒有父母，依賴一個哥哥生活。因為家中貧窮，他的嫂嫂看他非常贅累。有一天，兄嫂因為產前炊煮不便，哥哥又不在，命令祖師上山采柴，替她燒飯。他不敢推辭，諾而去，不料，他并沒有到山上去拾柴，卻把兩只腳放在灶內，當做柴燒，等煮完后，人也不見了，卻從煙囪里，遁跡而去，變成一道黑煙，升到空中去做神了。所以供奉他的人，才把神像的面部涂個漆黑。
落鼻祖師
傳說每逢天災地變，祖師鼻子就自行掉落，以示防備，人們以「落鼻祖師」或「落鼻祖」稱呼他。關于這種傳說有三：
一為某年某地，清水祖師繞境，于其過某家門前，鼻子突然掉落，當夜該戶人家發生火災，大家傳為祖師顯靈。
一為，參拜祖師的人，身體不潔或心里不虔誠，祖師生氣，鼻子就掉落。
另一說，祖師被山賊挖掉鼻子，后來經和尚修愎，自此以后，每有異故，鼻子自行掉落，但是所掉落的地方，必定在袍袖里。安溪一帶的居民，都奉清水祖師為主神，保護地方的安寧，清代安溪人士遷移來台，也各奉祖師的香火來台，代為塑像建廟，作為共同信仰及連絡鄉誼的地方。現在本省有九余座清水祖師寺廟。其中，台北市長沙街的祖師廟，規模最大，信者最多。
清水祖師的聖誕，是農歷正月六日 ，各地寺廟的善男信女，就依例盛人的舉行祭典。